Početkom 1991. u sklopu priprema za samoobranu sela krizni štab i mjesna vlast rade na osnivanju dragovoljačkog odreda koji se formirao od dvije čete. U to vrijeme postavljaju se prve naoružane seoske straže na ulazima u selo. Dana 17. rujna 1991. bez ikakvog povoda pobunjeni Srbi i JNA iz Lišana Tinjskih, Biljana i Zemunika Gornjeg izvršili su prvi topnički napad na Škabrnju.
Krizni štab u selu organizira evakuaciju civilnog stanovništva (žena, djece i staraca) dvama autobusima, teretnim kamionima i osobnim vozilima u Zadar, koji se onda dalje upućuju (najveći broj) na otok Ugljan u turističko naselje u mjestu Kukljici, dok dio njih ostaje u Zadru kod svojih rođaka ili u hotelu Iž, koji je već tada bio predviđen za zbrinjavanje prognanika. Povratak civila natrag u selo redovito bi uslijedio nakon potpisivanja primirja kad bi i civilne vlasti – krizni štab u Zadru, naivno vjerujući svaki put da će se neprijatelj strogo držati dogovora o prekidu vatre, svojim priopćenjima apelirali na povratak i normalizaciju života.
U paklu svakodnevnog četničkog granatiranja Škabrnje pravo je čudo da do 18. 11. 1991. nitko od civila koji su se gotovo svi vratili nije stradao. Samo u razdoblju od 4. do 10. listopada 1991. na Škabrnju je palo preko 2000 raznih projektila. Najžešći napad na Škabrnju bio je 5. listopada, kada je poginuo Stanko Bilaver, zapovjednik 1. voda 1. čete pričuvnog sastava ZNG-a, prva škabrnjska žrtva, i jako je oštećeno nekoliko stambenih i gospodarskih zgrada. U više navrata zrakoplovi su raketirali selo, i tada je bačeno 8 kazetnih bombi, a na dvije neeksplodirane bombe nađene su i poruke “poklon ministru obrane od JNA” i “za Franjine štakore”.
Do formiranja Samostalnog bataljuna Škabrnja (11. 10. 1991. – koji su činile snage sela: Škabrnje, Galovca, Gorice, Nadina, Glavice, Zemunika Gornjeg i Zemunika Donjeg), svako selo, pa tako i Škabrnja, na ovom području organiziralo svoju obranu bez međusobne hijerarhijske povezanosti i zajedničke strategije i taktike obrane. Tada se jedino u Nadinu uz tamošnje mještane nalaze i malobrojni pripadnici 2. bojne 112. brigade Hrvatske vojske. Samostalni bataljun Škabrnje, pod zapovjedništvom Marka Miljanića, koji je u to vrijeme brojao najviše 950 ljudi, držao je liniju obrane preko 32 km.
U samoj Škabrnji dvije čete (oko 240 ljudi) držale crtu obrane od oko 6 km. Valja podsjetiti da je bataljun bio slabo naoružan i to 50% vojničkim i 20% lovačkim oružjem te da 95% boraca nije imalo vojnu odoru nego civilnu (najčešće su bili u trapericama i patikama). Dakle, Škabrnju su branili samo Škabrnjani (dvije čete), u to vrijeme gotovo svi vojno sposobni muškarci u selu i da je tog sudbonosnog dana, 18. studenog 1991., bilo oko 200 slabo naoružanih i opremljenih ljudi koji, mogli bismo kazati, osim velikog srca, zanosa, prkosa i odlučnosti da brane svoj dom, nisu ništa drugo niti imali. Ozračje u selu od prvog dana četničkih izazova pa do pada bilo je takvo da je većina Škabrnjana, osobito boraca, mislila kako nema šanse da četnici i jugovojska uđu u Škabrnju, bez obzira na njihovu nadmoć u ljudstvu i tehnici.