Tenkovsko-pješačke snage četnika i JNA za napad na Škabrnju tog sudbonosnog dana 18. 11. 1991. došle iz dva smjera. Tako je jedna kolona tenkova i oklopnih transportera s kamionima pješaštva prolazeći kroz Zemunik Gornji došla oko 7 sati na zapadni ulaz u Škabrnju i s tenkovskim cijevima okrenutim prema našim položajima zauzela dva napadajna položaja (nasuprot glavnoj mjesnoj cesti kroz zaselak Ambar i južno od crkve sv. Marije u polju Jabuka).
Istodobno je druga kolona tenkova i pješaštva došla iz pravca Biljana Donjih cestom Benkovac – Škabrnja – Zadar i na Marinovcu, sjevernom ulazu u Škabrnju prema Ražovljevoj glavici, zauzela također napadni položaj. Sam napad i usklađena vatrena priprema po položajima branitelja na pravcu Škabrnja – Nadin počeo je oko 7,30 sati iz raketno-topničkog oružja, oklopnih postrojbi s Debelog brda, Biljana, Zrakoplovne baze Zemunik, Smokovića, tenkova s područja Šarovina i Lišana Tinjskih. Glavni udar i težište napada agresora bili su na pravcu zapadnog ulaza u Škabrnju, zaselka Ambar i Ražovljeve glavice, gdje su uz žestoku vatrenu potporu iz prije navedenih neprijateljskih uporišta i zrakoplovstva angažirane jake tenkovsko-pješačke snage četnika i JNA.
Dok branitelji Škabrnje na ovim pravcima obrane pružaju srčani otpor, iza leđa im je JNA angažirala i helikopterske postrojbe, koje desantiranjem na područje Jabuke, jugozapadno od crkve sv. Marije i uz pomoć jakih tenkovsko-pješačkih snaga, koje su od Jabuke prodirale pravcem južno od kuća u Ambaru, kroz polje između Škabrnje i Prkosa, oko 10 sati zauzimaju groblje i crkvu sv. Luke, te na taj način prekidaju jedinu cestovnu vezu Prkos – Škabrnja, a branitelje u Ambaru poluopkoljavaju. Nakon sloma obrane branitelja u Ambaru, ostale crte škabrnjske obrane još su odolijevale napadima agresora.
Na drugom pravcu i težištu napada agresora prema Ražovljevoj glavici obrana je odolijevala sve do 13,30 sati, kada se branitelji povlače na pričuvne položaje u podnožju Ražovljeve glavice prema selu, a neprijateljski tenk se penje na Glavicu. Ostali branitelji i civili iz Ambara povlače se prema središtu sela i dalje preko Škara prema Vlačinama. Četnici i pripadnici JNA do središta sela i crkve Velike Gospe došli tek predvečer oko 16,30 sati, goneći ispred tenkova zarobljene branitelje i civile kao živi štit. Neprijatelj je taj dan tu stao utvrdivši svoje snage na crti Ražovljeva glavica – središte Škabrnje – crkva sv. Luke. Civile, pretežito žene, djecu i starije osobe, koji su se sklonili u podrume i druge zaklonjene prostore, četnici i pripadnici JNA nasilno izvlače van i ubijaju hitcima iz vatrenog oružja, najčešće s prigušivačima, ili nožem, a pritom neke od žrtava pred smrt muče i masakriraju. Četnici su ih ubijali na najokrutniji način, gazeći ih tenkovima na očigled žena i djece. Oni civili koji su pošteđeni smrti, dovedeni su do zapadnog ulaza u selo u Ambaru, predio tzv. Krčmetine, gdje su ih sve skupili i predvečer teretnim kamionima i autobusom odvezli u Smilčić, Biljane Donje i na kraju u Benkovac, smjestivši ih najprije u vojarnu, a kasnije premjestili u tamošnji Dječji vrtić, gdje su na razne načine cijelu noć mučeni i ispitivani, od čega nisu bila pošteđena ni djeca. Tu su prenoćili i sutradan predani u Pristegu hrvatskoj strani. Zarobljene odrasle muškarce (branitelje i civile) već su u Škabrnji odvojili od žena i djece i mučeći ih cijelim putem na očigled žena i djece odveli prema Benkovcu, gdje su trojicu ubili, a ostalih devet zarobljenih na taj dan završili su na koncu u kninskim kazamatima, prolazeći kroz najraznovrsnija mučenja i torture, dok konačno nisu razmijenjeni. Oni u Ambaru i središtu sela koji su imali sreće da ih četnici ne otkriju i uhvate pod okriljem noći, doslovno su satima puzali kroz polja, vinograde i jaruge, izvlačeći se iz četničkog okruženja prema Vlačinama, Prkosu, Jošanima i Galovcu, gdje su stigli promrzli i potpuno iscrpljeni od žeđi i gladi.
Napad na preostali istočni dio Škabrnje (koji nije branjen jer su se branitelji u ranim jutarnjim satima po zapovijedi povukli prema Prkosu i Galovcu) i Nadin započeo je u 8 sati i završio u 17,24 sati, kada su JNA i četnici zauzeli Nadinsku gradinu. Toga 19. studenog jugovojska i četnici nastavili su u Škabrnji sa svojim zvjerstvima i ubijanjem nevinih civila (žena i staraca) koji nisu htjeli napustiti svoje kuće. Četnici su 19. studenog oko 14 sati, ušli s tenkovima i pješaštvom u Nadin iz smjera Škabrnje i iz smjera Biljana. Tog dana u Nadinu su poginula dva branitelja i ubijeno je osam civila, i kasnije još sedam civila koji su ostali u vrijeme okupacije u Nadinu.
U Nadinu je u Domovinskom ratu poginulo 5 vojnika-branitelja i ubijeno 14 civila, dok ih se troje još vodi nestalim. Iz okruženja jugovojske i četnika preostali su se civili iz Nadina noću izvlačili preko Nadinskog blata i Vlačina prema Jošanima i Galovcu, gdje su neki došli tek nakon tri dana potpuno iscrpljeni od žeđi, gladi i promrzlosti.
Vijesti o tragičnim događajima 18. i 19. studenog u Škabrnji potvrđene su tek nakon što su pušteni zatočeni civili došli u Pristegu na našu hrvatsku stranu. Potresna svjedočenja preživjelih izazvala su kod domaće i svjetske javnosti zgražanje i osudu srbočetničkih zločina. Tijela prvih 35 škabrnjskih žrtava, jugoslavenska je vojska predala u crnim najlonskim vrećama na Musapstanu kod Zadra, dovezavši ih iz Škabrnje u ukradenim teretnim kamionima.U nakani da prikrije zločin u Škabrnji jugovojska je odugovlačila s predajom tijela ostalih ubijenih, tako da su pod pritiskom predstavnika Međunarodnoga crvenog križa i europskih promatrača predali još 9 tijela, čime je ukupni broj žrtava dovezenih na Patologiju Zadarske bolnice do tada bio 44. Ostala tijela žitelja, njihovi ostatci kao i ostatci ostalih ubijenih koji su ostali u selu jer nisu htjeli napustiti Škabrnju, pronađeni su u masovnoj grobnici kod Osnovne škole.
O kakvom se zvjerskom masakru nedužnih ljudi radi, najrječitije govore opisi ozljeda koje su zadobili (podatci s Patološkog odjela zadarskog Medicinskog centra), kao što su: eksplozivne i strijelne ozljede glave u potiljak i zatiljak, prsnog koša i trbuha zadane iz najveće blizine, zgnječenje glave i prsnog koša izazvane gaženjem tenkom, odsječene uši i druge ozljede.